但公司社保缴纳基数设为五千，是否违反了相关

公司社保缴纳基数与工资不符，可能违法。依据《社会保险法》，社保应按实际工资缴纳，不足额缴纳将受处罚。若不及时调整，可能影响员工社保待遇及企业信誉。
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处理方式有与公司协商、向社保局举报等。建议先与公司沟通，了解原因并要求调整；若协商无果，再向社保局反映，维护自身权益。
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公司社保基数不符，应处理。操作如下：1.与公司HR沟通，了解社保缴纳情况，要求按实际工资调整基数；2.若公司拒绝，收集工资单、社保缴纳记录等证据；3.向当地社保局提交证据，举报公司违规行为；4.等待社保局调查处理，必要时可咨询律师进一步维权。